La estructura organizativa de la Universidad, está conformada por tres tipos de instancias:
- De decisión;
- De ejecución y
- De control de gestión y apoyo.
La instancia de decisión está conformada por dos órganos:
- El Consejo Universitario
- Las Asambleas de Centros de Formación.
La instancia de ejecución está conformada por tres órganos:
- El Consejo Rectoral
- El Consejo de Gestión Administrativa
- Los Consejos de Centros de Formación
La instancia de control de gestión y apoyo está conformada por:
- La Auditoria Interna
- El Consejo Contralor
- La Consultoría Jurídica